Football Manager 2016 является спортивным симулятором. Игроки могут настроить внешний вид менеджера[2]. Введены новые режимы, например Fantasy Draft, в котором игроки могут играть вместе, а также приглашать игроков с фиксированным бюджетом. Другой режим — Create-A-Club — для редактирования игры, но добавленный в финальную игру[3]. Также игроки могут создать собственный клуб с наборами, логотипами, стадионами и трансферным бюджетом[4]. Эти параметры настраиваются игроком самостоятельно.
Football Manager 2016 также была добавлена функция ProZone Match Analysis, которая позволит обеспечить анализ матчей[3][5]. Эта функция была разработана компанией Sports Interactive совместно с ProZone, реальной аналитической компанией. Были внесены улучшения в искусственный интеллект, анимацию и многое другое.